Бактериология

[dark256]

Уже пару месяцев хочется что-то такого эдакого сделать, чтобы душа развернулась, а потом свернулась... гы....
Вот подумываю о "генетическом конструировании". Хм...
Запрограммить бактерию. По идее что надо:
1. Аналог ДНК... какой-то код, описывающий строение и поведение (?) То есть геном.
2. Тварь ползает и что-то жрет... хм... Видимо какое-то описание жрачки в виде сигнатуры....
3. Как нажралась - делится...
4. Мутирует, как и полагается, с учетом произвольного модифицирования генома...
5. Мутации как доминантные, так и рецессивные....

Нечто вроде игры. Некий субстрат, к примеру - текст книги. Бактерия "питается" буквосочетаниями "ОРО"...
Во что-то их перерабатывает.... Корм кончается, популяция подыхает... Если не произошло условно позитивных мутаций... Эволюция, короче....

Никто не задумывался о чем-то подобном?
Может кто что почитать посоветует или уже что-то подобное есть... хм...
Или у кого-то есть наработки, начал, но забросил...

Вобщем не пойму с чего начать. Какой-то совет нужен. Слова все умные и идею знаю, но вот как это воплотить - ничего в голову не приходить... :)

К Конуэю, чур, не отсылать :)

[alatar]

Генетический алгоритм (http://habrahabr.ru/blogs/algorithm/112336/#comments).

[dark256]

О! Спасибо. Очень интеерсно. Почитаааем....

http://megaswf.com/serve/102223/

Не могу понять - в чем смысл действа?

[terbooter]

Очень забавно

[alatar]

Не могу понять - в чем смысл действа?
Смысл действа, а также условие отбора — проехать как можно дальше. Конструкция которая наберет больше баллов имеет больше шансов оставить потомство. Если выставить небольшой уровень мутации будет заметно, что детали конструкции наследуются.

Добавлено через 5 минут
В вашем случае условием успешности, например, будет потребление жрачки в еденицу времени.

[mooncar]

Не совсем по теме, но будет любопытно. Клеточный автомат Жизнь. (http://ru.wikipedia.org/wiki/Жизнь_(игра)) Мы им увлекались еще когда не было компов, разрисовывая жизненные циклы - состояния колонии на листочке в клеточку. Примеры колоний. (http://ja.wikipedia.org/wiki/ライフゲーム)

[dark256]

Я же сказал, что Конуэй не в тему :)))))))))))
Кстати тогда же эту прогарму на Бэйсике еще написал. Обсчет поля 20 на 20 занимало около минуты :))))
Ужсссс

[Anton Riot]

Никто не задумывался о чем-то подобном?
Может кто что почитать посоветует или уже что-то подобное есть... хм...
Или у кого-то есть наработки, начал, но забросил...


Мы занимаемся этим уже несколько лет. (НИИСИ)
Есть такое направление - адаптивное поведение. То, что вы описали - частично входит в порядок работ.
Чего-то подобного очень много..
Лекции:
http://www.niisi.ru/iont/ni/Library/
http://www.keldysh.ru/pages/mrbur-web/misc/mlb/
Журналы:
http://www.matbio.org/arhiv.php
http://www.artsoc.ru/index.php
Лаборатории:
http://laral.istc.cnr.it
http://nn.cs.utexas.edu
http://www.ecagents.org
Моделировать ради моделирования - это интересно, но бесполезно. А моделирование, которое может продвинуть нас в изучении эволюции, особенно (как дальняя цель)-эволюции когнитивной - это "вопрос дня". Точнее, вопрос ещё неизвестно скольких лет изучения..
Тут можно ознакомиться с направлением, обзорная статья: http://www.niisi.ru/iont/ni/NI09/RT09/Redko.pdf

Добавлено через 4 минуты
А ещё, кстати, на такие исследование, как вы описали, - государство деньги выделяет :)
Забавно.

[dark256]

Все-таки неправильно я вопрос задал. Там нет не то что половины ответа, вообще непонятно чего я хочу...
Но вроде как не когнитивную эволюцию... И механизм воспроизводства на основе ДНК.... хм.... читаю все это читаю, и понимаю что я слишком уже стар :)

Если муравей поднимает в 10 раз больше своего веса,
то 50 грамм муравьёв можно послать за бутылкой пива.....

[alatar]

Если муравей поднимает в 10 раз больше своего веса,
то 50 грамм муравьёв можно послать за бутылкой пива.....
Только если бутылка 0,33, а один муравей весит 1 грамм ;)

[Anton Riot]

хм.... читаю все это читаю, и понимаю что я слишком уже стар :)[/I]
Недавно была всероссийская конференция нейроинформатика-2011. Там большинству участников было за 50 =)

[terbooter]

dark256, вы же в первом посте довольно четко поставили условия.
С этим уже можно работать.
Я бы начал с описания абстрактных классов которые составляют всю модель,
это что-то вроде:
1) Чашка Петри, в которой все это происходит
2) Живой объект
3) ДНК, которая состоит из пар геномов
4) Геном объекта (Value object - с набором параметров.)
5) Репликация

Заселяем несколько типов букашек и водорослей (водоросли, тоже живые объекты, но у них нет гена полового)
Букашки жрут водоросли и размножаются. При каждом размножении происходит мутация.

Потом шарашим радиацией или антибиотиком =)

Вообщем, все это сделать довольно просто, при условии, что пул доступных генов мы задаем сами
Фактически отдельный организм, это та же машинка из примеров выше

Добавлено через 1 минуту
Помню еще в 97 году на 286 на QBasic-е у меня бегали квадратики и размножались =)))

[lexa2000lexa]

Извеняюся что не совсем в тему, но не смог удержаться.

Пишем программу. Естественный отбор. Ползают хищники, травоядные, травка вырастает периодически. Хищники для размножения должны съесть немного травоядных, травоядные — немного травки. Размножиться — отложить яйцо, которое породит трёх существ твоего вида. Травка — от бога. Всё живет, развивается, естественный баланс между количеством травоядных и хищников поддерживается, количество травы влияет на размер популяции, преподаватель доволен, студенты горды.

Сдача проекта. Результаты живут и развиваются на большом экране за спиной докладчика. Размер поля и количество травы выбраны так, чтобы было и интересно, и без тормозов. Писалось на «жабе», так что тормозить начинало быстро, особенно на выданном ноуте с Вистой. Короче, поле получилось небольшое, и естественные флуктуации размера популяции стали сравнимы с самим размером. Хищники побеждают; после лакомства последним представителем травоядных они, конечно же, вскоре благополучно дохнут с голода.

На месте умершей зверюшки появляется живописный скелетик, который должен стираться после пересечения клетки другой живностью, но ведь другой живности больше нет. Получается милое кладбище. Никем не поедаемая трава начинает заполнять всё поле, и вскоре места для появления новых кустиков уже нет. Процедура создания не выполняется, счётчик хода не срабатывает, и поведение каждого экземпляра начинает соответствовать поведению не своего класса, а того, который должен был ходить предыдущим. Потом очередь опять доходит до класса, который должен создать собственный экземпляр, и вновь, если нет места, всё смещается на единичку. В результате травоядное думает, что оно яйцо, скелет считает себя хищником, а кустик — яйцом. Из хода в ход поведение у всех меняется.

Итак, студент в наутюженном костюмчике вещает в аудиторию, наполненную именитой профессурой, которая вдруг начинает сползать со стульев от гомерического хохота. Студент оборачивается, сначала зеленеет, потом, заикаясь, пытается что-то пролепетать, садится на стул и начинает ржать на сплошном выдохе, перемежая этот звук неразборчивыми ругательствами. На огромном экране на поле творится невообразимая катавасия, а поверх красуется одинокое отладочное сообщение: «Полегче с травкой!»

[Котяра]

вот нечто про группы:
http://www.nulldesign.de/exp/expviewer.php?file=f9_particle2.swf&width=500&height=400

[dark256]

Ну вот скажем так еще уточню:
амеба - это одноклеточное? У ней есть ДНК вообще в принципе? Туплю сижу :)))
Если ЕСТЬ.... то что она описывает?
А есть ДНК у бактерии? Или у вируса? Никогда этим не занимался, вот сейчас стало интересно, но объем нагугленного ТАКОВ, что я под ним просто погребен...

Добавлено через 8 минут
вот нечто про группы:
http://www.nulldesign.de/exp/expview...500&height=400

Обалденно красиво, но нифигища непонятно :)))

[alatar]

А есть ДНК у бактерии? Или у вируса?
Есть и у бактерии и у вируса
Если ЕСТЬ.... то что она описывает?
Не заморачивайтесь на конкретике реального мира это не поможет. Генетического алгоритма, для вашей задачи, за глаза хватит.

[Anton Riot]

dark256, можно начать с такого приближения:
у анимата (агента) есть набор рецепторов, каждый может принимать значения 0 или 1.
Например, рецептор пищи рядом с агентом - 1 если пища есть, 0 если её там нет; рецептор пищи впереди агента - 1 если есть, 0 если нет.. И так далее, массив N рецепторов.
также есть набор эффекторов (т.е. возможных действий): спать, жрать, кричать, и что угодно ещё. (M действий)
набор значений всех рецепторов в определённый момент времени (0100111..) можно представить как двоичное число. Соответственно, каждый уникальный набор можно обозвать Ситуацией, и у каждой ситуации свой номер (всего ситуаций 2^N).
Какое из возможных действий делать агенту в ситуации Ni? Для этого каждому возможному действию соответствует свой коэффициент для каждой ситуации. Какой больше - то и делаем. Т.е. есть матрица этих коэффициентов размером (M) x (2^N).
Вот набор этих коэффициентов - это и есть геном агента. Модификация их в процессе жизни - это обучение, а мутации (случайное изменение) при размножении - это то, что вас и интересует :)

[Котяра]

У тебя сын родился - негр. Геной назвали. Мутатор мыть надо!

[mooncar]

dark, прости, не удержался, опять в твоей теме легкий оффтоп. Может кто-то не читал. Российские алгоритмы стадности. (http://anekdot.ru/id/-9946257/) Не знаю, байка или нет, но в свое время повеселило изрядно.

[Сабир]

Пробирку надо сперва надежную для бактерии вашей создать. А то вырвется на свободу и откроется ящик пандоры.:D

[alatar]

Ага и программить в скафандре :D

[Сабир]

А вдруг у вас получатся типа "Чужие". И начнут людям в рот прыгать и из живота вылазивать.:eek::D

[terbooter]

mooncar, спасибо за ссылку, напомнил. Всей группой тогда смеялись.
Со временем я уже факты перевирать стал, в моей версии корова погибала от обжорства =)

[dark256]

dark, прости, не удержался, опять в твоей теме легкий оффтоп.
Да ланно тебе, главное тема не умирает :)

Эффекторы, рецепторы.... Так до нано-роботов доберемся, кстати... хм...

[Tails]

Ухх какая вкусная тема :)

Anton Riot
Класно всё расписал, осталось только сделать.

А статья про террариум от Microsoft ... это же так здорово смотреть, чего там юзеры понасоздают. Столько идей, незнай с какой начать даже.
Вдохновение так и прёт.

[dark256]

Вдохновение именно прет. Все равно не знаю с чего именно начать. Все равно.
Как-то слишком общее все. Думаю.

[ChuwY]

Всегда была интересна подобная тема :) Правда, в более изощренной форме.
И немного в другом направлении.
С позднего детства у меня мечта -- в каком-нибудь приложении отлично эмулирующем физику собрать робота, который будет собирать таких же роботов из разбросанный вокруг частей стандартных типа лего.

[mooncar]

ChuwY, рассказы из "Кибериады" С.Лема читали? Почитайте, если нет, должно понравиться. :)

[dark256]

Нееее. Тогда уж "Непобедимый" из него же читать. Вот это класс. КибЕриада - чисто стеб бесконечный :)

[mooncar]

Да, "Непобедимый", ровно как и "Эдем", обязательно нужно читать. А вот роботы, делающие себе следующее поколение роботов, причем более мелких, и т.д. - это где было? *
----------------
* Не путать с рекурсивными "дублями" Корнеева из "Понедельника"! :)

[dark256]

Аммм.... дык там и было в кибериаде, только они все более КРУПНЫХ делали, чтобы самому валять дурака. Тольк не найти что за рассказ это.

[mooncar]

Ага, точно. А в "Непобедимом" как раз следующие поколения роботов становились мельче, только просто эволюционировали до нано-размеров и возникал надразум, когда они сбивались в стаи. Кажется так.