Допустим, имеем флешку с нативными размерами сцены 700 на 700 пикселей.
Тогда, чтобы решить вашу задачу, записываем такой html-код (в этом случае все будет сориентировано по центру окна браузера - как по горизонтали, так и по вертикали):
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="ru" lang="ru">
<head>
<style type="text/css">
body {
background-color: #023F8A;
text-align: center;
margin: 0px;
padding: 0px;
}
object { outline: none; }
#map_cont {
width:700px;
height:700px;
position:absolute;
top:50%;
left:50%;
margin-top:-350px;
margin-left:-350px;
text-align:center;
}
</style>
<script type="text/javascript" src="js/swfobject.js"></script>
<script type="text/javascript" language="javascript">
var params = { menu: "false", allowScriptAccess: "always", allowFullScreen: "false", quality: "high", wmode: "transparent" };
swfobject.embedSWF("flash/map.swf", "map", "700", "700", "9.0.0", "flash/expressInstall.swf", false, params, false);
</script>
</head>
<body>
<div id="map_cont">
<div id="map">MAP</div>
</div>
</body>
</html>
Качаем SWFObject, expressInstall.swf, создаем нужные директории, заливаем туда файлы и корректируем этот код (фон, размеры и пр.) под свои нужды.
Должно получиться нечто вроде этого (http://www.vesta-s.ru/demo/polymer2/main.htm).
PS. Тема у вас о центрировании флеша в html-страницы, а пишите вы "сцентровать swf файл в середине флеша". Последнее несколько некорректно сформулировано, потому ответ сориентирован на тему.