Так и не будет.

Флеш не загружает в себя MOV
Чтобы загрузить внешнее видео, надо загружать FLV, и не как клип, потому что так тоже не будет работать, а как потоковое виде (читать классы NetStream, NetConnection)
Или можно импортировать прямо на сцену флеш проекта.
Именно при этом процессе и появится окно, скриншот которого я выкладывал.

то есть из ае делать flv с alfa каналом и его грузить в flash?

не обязательно ае
Есть флеш видео екнодер, в последней версии adobe Media Encoder