Я бы на самом деле из базы ничего не вытаскивал, только раз в 5 минут обновлял на случай рестарта сервера.

Просто при запуски сокет-сервера беру из базы все эти поезда и их местоположения и сохраняю их допустим в массиве... при изменениях роюсь в массиве и отдаю из него информацию (это быстрее чем в базе), при необходимости модифицирую информацию в массиве и в базе (на случай рестарта сервера).

вроде тоже не плохо.. но когда информации много, то куча массивов тоже не панацея.

Сервер MySQL? Насколько мне известно это БД. И да, совершенно безразлично.

Тогда уж СУБД ) На самом деле на сколько мне известно в *nix подобных система для связки допустим PHP, и МуСкула используя сокет /tmp/mysql.sock
Если его выгрузить из памяти, то при обращение к МуСкулу будет вылезать сообщение типа: "Can't connect to local MySQL server through socket...." Так что Сервер тоже играет роль... )

завтра проведу эксперимент по совместному доступу к одной БД MySQL из php и java.

А в чём проблема может быть?
Проблема может быть только на уровне транзакций - а это не зависит от количества и качества клиентов базы.