Более менее начинаю вникать. То есть сам файл он передает отдельным потоком, а данные относящиеся к нему либо через адресную строку (что в самом деле не очень) либо методом POST

У POST все передается в теле запроса - и сам файл, и дополнительные данные, а у GET - данные передаются в URL'е. GET-ом файлы не передаются.
В 1 -м варианте я предлагал комбинированный метод - файл скрипту передается POST с помощью метода upload экземпляра класса FileReference, и тому же скрипту передается одновременно имя файла в URL'e, т.е GET-ом.

Да, уже изучаю, действительно POST в данном случае намного логичнее и, что ли, правильнее

Каждому методу - свое применение. GET тоже полезен и незаменим в некоторых случаях.