http://flac.sourceforge.net/
Это наверное самое популярное, но реализации для флеша я не видел.

Кстати о коммерческом / некоммерческом использовании MPEG и разновидностей и т.п. - в .NET например, нет декодера / энкодера. Практически всегда на компьютере с виндовсом есть LAME библиотека, или какой-то аналог, но ее там может и не быть... и если ее нет, то взять ее разработчику не откуда (бесплатно).
Технически флеш может воспроизводить, кроме MP3, еще и PCM. По документации SWF может так же содержать Speex и Nellymoser. Но как это на самом деле (не)работает я не знаю.

Да помоему бредовая тема насчет коммерческой mp3. Вот предаствьте, я покупаю коммерческую программу типа FL Studio - которая конвертит музыку на выходе в мп3 . Это значит что я имею права использовать этот кодек в любых целях ибо прогу я купил лицензионную, которая позволяет создавать мп3. Вот и все.

ну, тут собственно, хозяин-барин.
у меня владелец приложения озаботился этой темой.
видимо, в итоге буду закатывать звук в файлики swf и грузить их

да, что-то навскидку не видно

Одно из другого не следует. Когда разбирают юридические вопросы, такие доводы никто слушать не станет.
Если в лицензионном соглашении к программе написано, что вместе с правом на использование этой программы вы также получаете права на mp3 - то вы их получаете. Если не написано - не получаете.

in4core по любому бы переспорил судью и присяжных.

Нет. Клоуны в цирке побеждают, а не в суде.