Тем, что перегенеривать каждый раз придется и записывать. Да и геморроя хапнуть придется на больших объемах. Пока неясно что за флеш-проект и из чего он состоит. Если БД просто читать - сойдет, если модифицировать - лучше смотреть в сторону SQL.

XML - это формат представления данных, он не предназначен / плохо приспособлен для хранения / обновления / установления отношений между элементами из которых состоят данные. XML - это древовидная структура, а это значит, что она может представить только отношения 1 к многим, отношения многие к многим она представить технически не может, либо нам прийдется делать много допущений, и даже при этом файлы будут расти в геометрической прогрессии в зависимости от количества отношений между элементами данных.
Именно поэтому не нужно делать базы данных на XML. XML относятся к базе данных как фотография к фотографируемому объекту - вы можете использовать фотографию для получения какой-то интересующей вас в данный момент информации, но использовать ту же фотографию для получения информации о том же объекте, но с другой стороны может оказаться невозможным.
AIR позволяет вместе с приложением использовать SQLite (встраиваиваемую базу данных), можно смотреть в сторону Zinc / SWFStudio и им подобным на предмет наличия готовых драйверов для других баз данных, но XML - только для незначительных и очень простых по структуре данных.

Сама ХМЛ - меня устраивает.
Для небольших объемов - подойдет.
Но это все равно, черт побери, не База, и уж совсем - не СУБД.
Как только возникнет вопрос сортировок, индексирований и т.п., к вашему ХМЛ-ю начнется написание всевозможных приблуд. И тут смысл моих слов станет ясен. Но будет поздно.

Я когда то делал вполне нормально работающие сайты на SAPID, xml-based cms.
Если изменение данных редкое и объём данных небольшой, то имеет право на жизнь.
Плюсы - не требует наличия mySQL на хостинге - только php.
Минусов тоже много) Но иногда можно ими и пренебречь.

Я и писал все время, что для небольших объемов данных.
Полноценную СУБД он в любом случае не заменит.
Но для каждого случая можно использовать подходящий инструмент, не обязательно все делать по-максимуму

А если подумать, сейчас трудно найти хостинг с php, на котором бы не было mysql и наоборот. Реализация записи нужных данных в XML с помощью php явно не уложится в пару строк, так почему бы не сделать несколько строчек, реализующих запись и получение нужной инфы из / в mysql?
Зачем тут xml?

Я понимаю, если создали вручную файл XML, положили на сервер, а потом флешка просто читает его и что-либо делает на основе этих данных, не умея ничего обновлять.

В другом случае, я смысла не вижу.

Писал как-то CMS-ку для флеш-сайта на основе XML с использованием PHP-класса SimpleXML. Получилось красивенько... Но только вот повторять не стану, реально, если есть MySQL, то связываться не стоит.
Обновление-добавление узлов, создание новых структур, формирование новых xml-файлов, уфф...

Но, тем не менее, если файлов XML мало и их структуру менять не нужно, то БД на такой основе имеет свои плюсы против SQL. Т.е. не надо иметь полноценную SQL БД, если что, редактировать файлы можно руками, то есть в текстовом редакторе, не используя запросы, да скорость работы может быть выше (пруфлинка сейчас не дам, но были тесты) и т.п.

Спасибо, не знал, любопытно.