KBAC, вот что-то такое, возможно да! А это, все же, не последние настройки, особенно padding/border.

Кажется в Texture Packer есть какая-то удобная фишка с обновлением спрайтов, мол сделал один спрайт лист из разных источников (изображения, swf), и если потом загружаешь новую версию источника, то итоговый страйт лист как-то легко пересоздаётся. Но возможно я что-то путаю...

Ну как бы Texture Packer автоматом обновляет атлас при изменении файлов, это да.
Но мне кажется я вспомнил, чего еще не хватало — автоматического даунскейла для SD графики. Для мобильных игр это важная штуковина.

а чем фотошоп не дело?

Он генерит XML? Дайте гайд.

Фотошоп не нравится. Врукопашную — это непотребство. А скрипты/action писать лениво. К тому же это приводит к двум папкам с исходными изображениями для атласа, двум проектам в том же Shoe Box и т.д.
Ну короче никак не сравнится с галочкой "AutoSD".

Не говоря уже о том, что порой и масштаб атласа (в том числе и без сглаживания) в работе необходим. Вот! Вспомнил! Я как раз портировал игру с AIR на HTML5, который не может гарантировать отрисовку canvas-а без сглаживания! И вот если в AIR у меня атлас был махонький, то для HTML5 необходимо было сразу сделать пиксель 4x4. Так вот в Texture Packer я просто ввел в поле масштаба 4, а в списке "Scale mode" выбрал "Fast". И все. Никаких доп. действий. Shoe Box я решил попробовать именно в этот период :) и он с порога не справился с первой же задачей.

Ещё ShoeBox не поддерживает поворот текстур. Очень полезная фишка.

Ну это уже не всегда критично. Вот например формат Sparrow (который для Starling) их не поддерживает, так что в том же Texture Packer они пылятся.

Zebestov, очень даже поддерживает

Странно. В Texture Packer, когда переключаешь на Sparrow, галочка Allow rotation сбрасывается и становится неактивной… зачем же они так сделали?