.......

У Самсунга width="100%" height="100%"

Так и я смог бы. Моя проблема совсем в другом, к сожалению.

Ничего не мешает вместо 100% × 100% прописать другие размеры.
Если кликать по разделам, то по высоте там уже никак не 100%, 100% будет, если высота контента меньше высоты окна браузера, тогда контент будет расстянут под размер видимой области. Если контент не влезает, то контейнер флеша будет отресайзен под этот размер.

Я глубоко не ковырял, но я так понимаю, что все изменения размеров у них прописаны в самом SWF'е, и джаваскрипт ничем таким не управляет.

Не буду больше Вас отвлекать. Пойду писать innerHTML. Ненавижу себя за это.