Да потому что ты глупость написал, и непонятно, что тебе ответить. Флешка всегда лежит на сервере. Она скачивается по http к клиенту и всегда запускается уже на клиенте. Она ничего не знает о сервере откуда скачана. Если в неё вшита логика соединения с сервером и обмена данными, то её можно выложить на другой хостинг, или вообще скомпилировать в exe-проектор и она всё равно будет соединятся с сервером(если на сервере политика безопасности разрешает). Флеш - КЛИЕНТСКОЕ приложение. Используется исключительно для рисования клиентских интерфейсов. То же самое, что html+js, только с большим акцентом на рисование.
А эта фраза: " а с ПК отсылаются команды средствами perl например", - вообще вводит в ступор. С какого ПК? С клиентского или с сервера? Кому отсылаются? Какие команды? Что значит средствами perl? Это значит, что сервер на perl отсылает команды флешке, или это значит что серверу отсылаются команды в синтаксисе perl'а, которые сервер должен исполнять? Но в любом случае будут ДВА приложения. Одно на клиенте, и другое на сервере.

А можете уточнить, каким именно образом вызов этой команды завязан в логику клиента?