Что значит "залил на сервер"? Сервер, если перевести по-простому на русский - программа раздатчик [файлов / потоков / сообщений / как больше нравится]. Т.е. логичнее его у себя на компьютере запустить (по ftp будет долго, да и если вы там чего-нибудь уроните, может вдруг оказаться, что либо не знаете, как починить, либо просто полномичий не будет починить).
В Виндовс - точно так же из командной строки вызываете исполняемеый файл который запускает Java виртуальную машину - т.е. java и передаете ему в аргументах -jar filename.jar. Если вам хочется процесс как-то автоматизировать (все-таки Виндовс командная строка не очень удобна в работе), напишите .bat файл с тем же содержанием, и будет он запускать ваш jar по клику по нему.
Соответственно, если исполняемый файл java не на системных путях, то нужно добавить папку, где он находится на путь. Чтобы проверить:
если папка с java отсутствует - правый клик на "Мой Компьютер", там в Advanced (не знаю, как по-русски перевели) -> Переменные Окружения -> найдите PATH и допишите. Виндовс как правило нужно перезапустить после таких изменений. Если перезапускать не хочется, можно в том же окне консоли, где вы будете запускать java дописать что-то типа:
строка для примера - я не знаю где именно / как именно java устанавливается в Виндовс.

Не надо.