Попробуйте присвоить фильтр непосредственно перед командой visible=false... если объект исчезнет, так-и, значит баг в другом.

Баги с фильтрами DropShadowFilter и GlowFilter были всегда, один и тот же файл в разных версиях плеера на разных машинах мог бажить, мог не бажить. Сам сталкивался. Причина там на первый взгляд в неравенстве областей перерисовки – с фильтром она больше размера самого объекта, и тут возможно что-то в рендере проглючивает, и кешированные в битмап объекты начинают сыпаться кусками.
Вот кстати файлик – на моей машине играется без багов в 10 и в 11 плеере. Практически все друзья, которым я пытался его показать, твердили об одном и том же баге (в частности на Макбуке) - при перетаскивании собранного фрагмента над другими паззлами появляются артефакты в виде "замороженных" кусков изображения.

Wolsh, 11 плеер, без багов.
Вообще некоторые фильтры работают по-разному на разных процах (разные архитектуры). На хабре встречал пост про сумасшедший colormatrixfilter. На интелах работал ровно, а на амд выдавал эффекты, которые эпилептикам точно смотреть нельзя.

Или можно оставить тот метод, но перед изм. свойства visible обнулять фильтр...

i.o я как бы еще и ас2 тут прихватил словом, объясняя тем, что такие команды как висибл, альфа были еще тогда - и горе адобу если он оставляет в таких местах ошибки. Багтрекер велик это ясно, но там скорее редкие весчи , чем ТС тема. Например косяки с битмапой > 10000 px и т.д. Ну что ж теперь

Просто гениальное заявление.
in4core, вы мыслите весьма узко. То что у адоба нету багов с visible = false, это ещё не означает что этот visible будет срабатывать в сложных ситуациях с большим кол-вом "если", такими как например те же фильтры или ещё какое то сложное взаимодействие с прорисовкой битмеп даты или ещё фиг знает чем.
Вот именно про опыт этого сложного взаимодействия и хотелось бы узнать от людей которые имеют опыт на этот счёт, а не просто могут написать про 10000000% чего то там.