fdt игнорирует .fla
 

В FDT 3 есть проект, состоит из Project.fla и Project.as.
Project.as является Document class'ом для Project.fla.
В Project.fla на сцене просто что-то нарисовано (т.е. в библиотеке пусто).
Хотелось бы, чтобы запуская из FDT Project.as компилятор принимал во внимание и Project.fla. Сейчас он его игнорирует, т.е. выполняет просто код из .as файла, не учитывая графику из .fla.

Возможно ли это? И если да, то как?

fla понимает только Flash IDE, а FDT это редактор as кода.

Т.е. если я правильно понимаю, единственный вариант использовать графику из fla, это сконвертить её в объект библиотеки и экспортировать в swc, а через FDT уже расположить эту графику на сцене?

Верно.