Переделать проект на Flash в проект на Flex
 

Собственно как? Если с кодом все более-менее ясно, то как быть с библиотекой? Как влинковать символы в итоговый клип? И с какого файла начинается компиляция (если во флеше с главного класса проекта, то что является главным классом во флексе?)?

не волнуйтесь все возможно ( :
1.чтобы "влиноковать" символы вам нужно спаблишить swc (в настройках профиля поставить галочку) и затем в свойствах проекта в билдере добавить ее в разделе ActionScript Build Patch
2.в билдере есть в свойствах проекта раздел - ActionScript Applications где вы можете выбрать "исполняемые" файлы.

это не проект на flex - это "чистый" actionScript проект вы имели в виду наверное.
во FlashDevelop создайте новый AS3 проект.Редактор создаст вам все нужные файлы и папки и главный класс приложения.
Ресурсы из fla скомпилируйте в swc и киньте её в папку lib, Затем правой кнопкой add to library. Всё - классы будут доступны.

FlashDevelop есть под линукс?
Скрипты во фреймах будут работать?

- ага, пол Ubuntu стоит и не жужит

- зависит от того, на сколько у тебя прямые руки

в смісле?