doc.addItem({x:0,y:0}, prot);                                                        

item = doc.selection[0];                                                        

item.scaleX = 0.5;

item.scaleY = 0.5;                                                        

doc.selectAll();

doc.align("top", true);

doc.align("left", true);

arr = fl.documents;

if (arr && arr.length){

  len = arr.length;

  for (var i = 0; i < len; i++){

    doc = arr[i];

    // прочее

  }

}