менять wmode из JS?
 

Возможно ли поменять wmode с window на opaque из яваскрипта без перезагрузки страницы (на лету)?
Т.е. opaque жутко тормозит, но в какой то момент надо повесить поверх флэша div.

Нельзя.

Если вы имеете в виду перезагрузки флэшки, то нет, нельзя. Флэшка перезагрузится. Без перезагрузки html-страницы можно, конечно.

P.S. Чуствую, что с приближением Нового Года будет все больше и больше тем относительно того, как поверх флэшки показать хтмл-слой или наоборот, поверх сайта показать флэшку. Из-за того, что многие на сайты будут ставить открытки с поздравлениями.

Hauts прав, можно с перезагрузкой самой флешки.
Но необходимость в таких костылях всегда возникает вследствие предыдущих ошибок.
Попробуйте потратить это время на оптимизацию самой флешки, нежели прибегать к эдаким ухищрениям.

Я как-то задурялся с тем, чтобы флэшка при старте сама себя на хтмл-странице находила и меняла параметры собственной публикации. Использовал рандомное число для того, чтобы с очень большой вероятностью находить именно саму себя (а не другую такую же). Весь js с помощью ExternalInterface выполнялся. К сожаленю, сейчас уж не найду этого. Да и вряд ли это пригодится.