Останавливается прожектор...
 

Столкнулся с такой проблемой. Когда прожектор стоновится не активным окном, то он останавливается, по крайней мене звук пропадает и flash спрайты перестают играть!

ага. бывает. :)
попробуй делать полноэкранный режим или обозначь это как доп. возможность - "при потере фокуса презентацией автоматически включается пауза, чтобы вы ничего не пропустили. Также пауза включается при включении хранителя экрана." (второе не проверял, но по-идее это тоже потеря фокуса :)
А насчет паузы - это, скорее всего, не бага, а так задумано.

a avi и mpeg
 

они продолжают играть, когда окно не активно....

На самом деле есть две опции:
Pause when window inactive в Modify/Movie/Playback
и
Animate in Background в Options в окошке Create projector.
Удачи!