Смена переменной.
 

var stoper = true;
var one = function () {
var stoper = false;
};
var two = function () {
var stoper = false;
};
onEnterFrame = function () {
if (stoper == true) {
stoper_mc = one;
}
if (stoper == false) {
stoper_mc = two;
}
};

Не пашет. Такая концепция.
Как надо?

Если нужно менять "stoper", который находится на той же шкале что и ф-ции, то убери идентификатор "var" при присваивании значение переменной "stoper" внутри ф-ции. При его использовании ты просто создаешь локальную переменную "внутри" ф-ции.