Вопрос по интеграции Flash в IE
 

Каким образом можно отключить ругателства IE на тему безопасности и активного содержимого?

"Чтобы помочь обеспечению безопасности, Internet Explorer ограничил отображение активного содержимого, могущего получить доступ к компьютеру, этим файлом. Щелкните для выбора параметров..."

Искал по форуму - не нашел ничего кроме SWFObject. Но он не помогает.

Нужно поменять настройки безопасности IE.

Настройка безопасности изменит ситуацию лишь на одном компьютере.
Изменять ее на машинах посетителей сайта будет затруднительно :boredom:

Есть сайты с флэшем, которые не ругаются в IE и отображаются без проблем.

Где то читал, что это может быть связано с активным содержимым анимации - кнопками или вроде того... Так ли это?

Все зависит от настройки браузера. Повлиять на неё может только пользователь. Если он не хочет флеш — его не будет.