[mooncar]

Использовать swapDepths(), говорить тут больше не о чем.
Сажать-не сажать в отдельные мувики - ваше дело. Обычно в проектах чуть сложнее баннера используются в основном только кнопки - символы MovieClip. У класса MovieClip и есть этот метод - swapDepths().
Все так работают и весьма комфортно.

А в скомпилированном ролике слоев вообще нет. "Слои", "Arrange -> Bring to front" - это все есть только в программе Adobe Flash для удобства разработчика. При компиляции компилятор просто располагает по z-оси нарисованные автором объекты сообразно их положению в среде визульной разработки (рисованным объектам назначаются отрицательные глубины, кстати - чтобы нечаянно не возник конфликт с программно организованными, у которых положительные глубины).