На счёт [Embed] сомневаюсь, но:
- можно собрать флешку с ресурсами (jpeg + альфа-канал в png) с помощью swfMill (как ее в swc загнать - другой вопрос) (Наскока понял - Flash IDE в таком виде и сохраняет картинку)
- можно собрать swc с этими картинками с помощью этой самой Flash IDE и использовать в проекте
- можно теми же тегами [Embed] встроить jpeg и png картинку в код и сшить их с помощью BitmapData#copyChannel. Операция синхронная - так что неудобств не добавит (окромя изготовления png-шки с альфа-каналом)
Вообще можно сильно не заморачиваясь настрочить герератор этих png-шек сшитый с генератором кода для их эмбединга на Air
Т.е.

Код:
папка с исходными png-шками ->| |->Assets.as (файл с тегом [Embed] и
|-> Air-приложение ->| сшивающим картинки кодом)
параметры (качество jpeg и т.д.)->| |->jpeg и png(с альфой),
что эмбедятся в Assets.as