Перед тем, как обращаться к DOM нужно проверить, что он готов к использованию:
Код:
window.load = function()
{
window.stopPlayer = function(id)
{
document.getElementById("player"+id).ext_stop();
};
};
Также я бы проверил, что флешка загрузилась тоже.
И флеш вставлять лучше через скрипт swfObject.js — будет меньше проблем.