Так, если я верно понял, вам нужно прямо из флешки сделать такой вызов, который бы учел конетейнер с нею. ExternalInterface.call('alert(this)') , насколько я понял, и будет выводить в окно алерта эту ссылку -
[object Window] . Т.е. нужно попробовать использовать this (this яваскриптовский) в вызове call.
(См. мой предыдущий пост.)
Нет, ошибаюсь я, похоже. Этот [object Window] не то.

Ссылка должна быть [object HTMLObjectElement] .