Перекодировать встроенным кодировщиком в мп3, это уберет паузы вконце дорожек. Ну а дальше думать.
Когда-то сам с этим мучался. Получилось только так. Все другие кодировщики вставляют при кодировании мп3 паузы вконце.
Насчет состыковать - можно примерно так:
- то что играло циклическии пусть играет но плавно затухает от 100% до 0%.
- и параллельно то что должно проиграться плавно начинает играть громче 0% до 100%.
таймлайн заведомо в задницу

Только программно.