[silin]

в первом случае (наследование: Main extends Scene ) main это объект Main со всеми свойствами\методами Stage, при его создании выполняется и все то, что прописано в конструкторе Stage

во втором случае (композиция) main просто несет на борту объект Stage, все что будет в нем сделано/определено доступно только через него же (через sc в твоем контексте)

инициализацию, связанную со stage, можно производить и в sc, но после того как stage будет в нем доступен (получит ссылку или будет добавлен в дисплейЛист, если это DisplayObject)