Хех... ну так, из области общих знаний: Java можно скомпилировать в .class или .jar файлы. Чтобы их выполнить вы вызываете из командной строки java -jar filename.jar например. .class - это обычно один класс, jar - заархивированые несколько классов. Jar-файлы можно потом упаковать в исполняемые файлы конкретной платформы, но так редко кто делает. Скомпилировать Java файлы - как правило к ним должен прилагаться какой-нибудь билд скрипт. Елси его нет (проект очень простой) - javac - самый популярный компилятор для Java (его есть в разных вариациях штуки 3-4, наверное, самым популярным будет от компании Sun, которая теперь перешла во владение Oracle). Чтобы заполучить этот компилятор, вам нужно будет скачать JDK с сайта Oracle. gcc тоже, на сколько я знаю, может Java компилировать, но я не пробовал.
И, лучше все-таки пробуйте сначала на своей машине, чем загружать непроверенные исполняемые файлы на удаленный сервер
А то если что пойдет не так, вам и выписать могут...
ЗЫ. Да, и если что в Линуксе бинарным исполняемым файлам не принято давать расширения, но в Линуксе можно много чего выполнить... даже директорию
Расширение .sh обычно говорит о том, что это шелл-скрипт (шеллов есть несколько разных, есть и непосредсвенно sh, но вы вполне можете увидеть файлы на ksh / bash с таким же расширением).