Не знаю, что ты там мутишь, но вот пример как я вызывал js функцию из флеша.
JS
Код:
function idUser()
{
//какие-то расчеты
return masAr
}
Затем во флеше:
Код AS3:
info_user = ExternalInterface.call('idUser') as Array;
В твоем случае можно счетчик включить и постоянно вызывать джаваскрипт функцию из флеша.
ЗЫ: Заранее извиняюсь, что не вник в твой вопрос. Просто анписал как я делал.