Там почти все это делатеся через nativeWindow.
stage.nativeWindow.close();
stage.nativeWindow.startMove()
stage.nativeWindow.minimize();
и т.д.
Но это окно будет убого смореться, ибо не отбрасывает тени
Если сделать тень, то его нельзя будет придвинуть к краю экрана вплотную.