Запросто все собралось.
Чтобы не быть голословным, поясню что не было сделано:
1) Нужно было зайти в файл SetupSDK.bat и прописать верный путь к флекс сдк, в моем случае это
Код AS3:
set FLEX_SDK=C:\flex_sdk_4.5.1.21328
2) В файле SetupApplication.bat изменить дефолтный пароль на свой (этого сделано так же не было, как было сразу видно)
В моем случае, новый пароль 99995555 (дефолтный был fd):
Код AS3:
set CERT_PASS=99995555
3) Cкомпилировать проект, можно просто собрать на F8.
4) Правой кнопкой по файлу PackageApp.bat -> execute
Собственно, всё. Приложение собрано, и в папке air появился файл HtmlConstructor.air
Все эти этапы подробно описаны в инструкции, которая лежит там же AIR_readme.txt. Не нужно ей принебрегать