Можно попробовать поискать плагин, но, если честно, я такой не видел. Но можно, например, используя Ant написать скрипт, который будет компилировать и отсылать куда нужно. Ну, или, написать на чем-нибудь, что виндовсовское окружение умеет выполнять (тут я не специалист...). Ну или, всегда есть cygwin
там все просто $ ftp ftp://blah-blah.