Код AS3:
loader.content.myVar = 15;
loader.content.doIt();
Ествественно нужно дождаться полной загрузки. Правильнее в этом случае нужно сделать интерфейс, который загружаемая флешка будет реализовывать, а затем откастить loader.content к этому интерфейсу, и вызывать нужные методы.