[expl]

Не совсем понимаю. Да FlashBuilder плохо работает с файлами вне проекта, FlashDevelop-хорошо
Но что мешает редактировать эти as3-файлы в FD, а проект создавать в FB
(мне ничего не мешало править проект дома в FD только потому что на домашнем компе FB тормозил,
т.е. as3prj-файл в папке проекта FB ничем ему не мешает - можно и тем и тем одновременно собирать)
Единственное - может задолбать правой кнопкой по файлу->refrash жать в FlashBuilder (ну или по папке) - иначе он их не отображает.

А вообще если бы на домашнем компе у мня FlashBuilder запускался - я бы его и использовал - ну нет ничего такого критичного в FD, что не мог бы сделать FB

P.S. Кстати автокомплит для файлов, включенных в проект, в FB работает никак не хуже, чем в FD, а поиск мест использования метода/поля и рефакторинг переименований - в разы лучше