[джонатан]

Зашёл, отписаться что нашёл решение, а тут оно уже есть.
Спасибо за помощь, я тоже сделал через Event.ACTIVATE;

stage.nativeWindow.addEventListener( Event.ACTIVATE, returnFocusToSettings );
 
function returnFocusToSettings( e:Event ):void {
	settingsWindow.activate();
}