Кажется, флеш вполне себе умеет https, так что подписываешь сертификат - и вперед.
Работать точно так же, как с обычным http.
Но можно конечно и свое шифрование забабахать. Сделать публичный ключ, приватный ключ, реализовать один из алгоритмов
асимметричной криптографии и будет счастье.