Ну, индекс элемента в массиве - это такая же ссылка. Приравнивание ссылки на объект к null в одном месте, не уничтожает сам объект. А раз уж ссылка на него есть еще и в массиве, то сборщик мусора его так же не уничтожит.
Код AS3:
var array:Array = [];
var sprite:Sprite = new Sprite();
array.push(sprite);
sprite = null;
trace(array[0]); // [object Sprite]
И в твоем случае null там не будет. Только что проверил.
Все будет так:
Код AS3:
var a:Object = new Object();
var b:Object = {c:a};
a = null;
trace(b.c)// [object Object]