1) Файлы your.fla и Main.as должны лежать в одной папке (исходя из того, что в классе не объявлено имя пакета).
2) Открываете fla. В панели
Свойства (
Properties) в поле
Document class вводите
Main (без расширения .as).
3) Компилируете.
P.S. Возможно строчки

Код AS3:
import flash.display.Sprite;
...
public class Main extends Sprite
нужно будет поменять на

Код AS3:
import flash.display.MovieClip;
...
public class Main extends MovieClip