Разные основные классы, разные возможности что-то можно под телефон, что-то только по ПК, некоторые вещи есть только под телевизоры(да, да и они есть с поддержкой AIR)...
Разделять Android-iOS-Desktop, не очень правильно лучше будет [Android-iOS]-Desktop
Native Extensions - внешние приблуды платформы для вызова из AIR. (вибрация, доступ к GPS, ..)
http://www.adobe.com/devnet/air/nati...s-for-air.html
Тут расписано по подробнее
http://stackoverflow.com/questions/5...le-desktop-air