Путем различных поисков и экспериментов достигнуто следующее:
Содержимое батника:

Код:
start Full_path_to_file\ExampleForBat.exe
taskkill /IM cmd.exe /f
2я строка при этом убивает 1й процесс, а 2й, свежезапущенный, остается
И особое внимание на то, что путь должен быть абсолютный, а не относительный, т.к. батник не знает с какой позиции ему начинать смотреть папки.
В настройках девелопа

Код:
$(ProjectDir)\ExampleForBat\bin\Debug\bat.bat
На выходе:
девелоп не виснет, но ждет окончания работы прогарммы
exe запускается и сам по себе работает корректно
Компиляция не происходит, в output:

Код:
Running process: ExampleForBat.as3proj" -ipc b9d2b83d-65a5-43a1-8271-82b35178de0a -version "4.6.0; 3.1" -compiler "D:\Program Files (x86)\FlashDevelop\Tools\flexsdk" -notrace -library "D:\Program Files (x86)\FlashDevelop\Library"
Building ExampleForBat
Running Pre-Build Command Line...
cmd: ExampleForBat\bin\Debug\bat.bat
ExampleForBat>start ExampleForBat\bin\Debug\ExampleForBat.exe
ExampleForBat>taskkill /IM cmd.exe /f
“бЇҐи*®: Џа®жҐбб "cmd.exe", б Ё¤Ґ*вЁдЁЄ*в®а®¬ 5896, Ўл« §*ўҐаиҐ*.
Build halted with errors.
Done(1)
Часть путей от дисков сократил.
В общем вот такая петрушка. На этом и застопорился. Может кто еще что подскажет?
ЗЫ. Как в output-е избавиться от нечитаемых символов, типа бЇҐ