Ловил такую ошибку не раз. Каждый раз решается по разному.
Попробуйте:
1. Если выбор SDK 4.6 не обусловлен какими-то специфическими задачами, то лучше собирать под 4.5.1 - это очень стабильная версия.
2. Попробуйте <application xmlns="http://ns.adobe.com/air/application/2.6">, если это не критично.
3. adt.jar желательно выбрать из выбранной SDK.
Сейчас юзаю FlashBulder 4.6, там собирается без ADT. Хотя там тоже куча проблем - то ошибка неизвестная вылетает, то программа просто безмолвно падает, то в native extentions почему-то часть функционала перестает работать.