Если тип приложения флеш, то оно все равно вставляется в ifame, но только страницу с кодом для вставки генерирует сам Mail.ru а не Вы. Метод устанавливает высоту ifame с приложением, а высота флешки не меняется
Код:
<iframe>
<body><object>Тут стоит флеш</object>
</body>
</iframe>
Чтобы растянуть флешку надо нужно в настройках выбрать тип приложения Iframe и самому вставить туда флеш.
После вызова метода контейнер с приложением растянется. Но чтобы сделать выше еще и флеш нужно отдельно растянуть <object></object>
Добавлено через 3 минуты
Если вставить через swfobject, то код для увеличения размера флеши в одну строчку.
Код:
document.getElementById('id флешки').style.height=нужная высота;