Массив-то хранит ссылки на экземпляры фильтров, и когда фильтры меняются, "в массиве" они "тоже меняются". Но дело в том, что когда Вы отдавали массив свойству filters, фильтры применяются один раз как набор эффектов с установками (значениями). Автоматического обновления не происходит, так же как здесь:
Код AS3:
var b:Number = 500;
mc.width = b; // применили, mc стал шириной 500
b = 1000; // но mc не стал шириной 1000 ))
mc.width = b; // а вот теперь 1000.