Обычно класс регистрируют с тем же именем, которое у него во флеше, т.е.:
Код AS3:
registerClassAlias(getQualifiedClassName(serializedClass), serializedClass);
Но тривиальных средств для того, чтобы получить все пакеты используемые в приложении, и все классы в пакете - нет, поэтому, по крайней мере цикл прийдется писать вручную.
Если вы можете как-то выделить классы в группу, и, например, заставить их всех унаследовать функцию, которая делает то, что показано выше - процесс будет более автоматичным.
etc когда-то писал класс, который в рантайме находит все классы во флешке. Но я думаю, проблема будет в том, что если делать это абсолютно авотоматически, то будет очень много лишнего.
Еще вариант - сложите все классы, которые нуждаются в сериализации в одну папку, и в билд скрипте на основании содержимого папки генерируйте класс, который регистрирует алиасы. (Я бы так делал, скорее всего).