Для таких ситуаций есть кронтаб, или какой-нибудь аналог в Виндовсе. Флеш как-бы к этому не имеет отножения - лучше использовать инструмент, который специально для этого и предназначен. Если вам нужно сделать на флеше интерфейс к программе, которая будет работать будильником - это одно дело, вполне понятное и вполне возможно, нужное, а для приложения которое работает в браузере - как-то слабо верится в полезность таких задач.
В Линуксе:
Код:
# sh -c "echo -e '\a' > /dev/console"
или
Код:
$ beep
В Виндовсе наверняка есть что-то похожее.