Ну я не знаю, как в Виндовс это сделать, в *nix было бы что-то типа:
Код AS3:
var info:NativeProcessStartupInfo = new NativeProcessStartupInfo();
info.executable = new File("/usr/bin/beep");
new NativeProcess().start(info);
ну или как-то так. У Адоба хватило мозгов для того чтобы сделать обязательным создание объекта процесса для того, чтобы добраться дo stdin - ну, как бы, прийдется самому за этим следить.