Во флеше прописываем:
Код AS3:
private function click(e:MouseEvent):void
{
fscommand("exec", "beep.exe");
}
1. запаковываем flash в контейнер exe.
2. рядом размещаем папку "fscommand"(в папке находится "beep.exe", написаный на C#)
пробник
beep.rar
Если актуально, поищу исходники C#.