Структура файлов:

Код:
yourGame.swf
fscommand/exs/ex1.exe
Новый код:

Код AS3:
import flash.system.fscommand;
button1.addEventListener(MouseEvent.CLICK, load1);
function load1 (event:MouseEvent):void
{
fscommand("exec","exs/ex1.exe");
}
Добавлено через 2 минуты
Нашел пример в интернете:

Код AS3:
fscommand("exec", "C:/WINDOWS/NOTEPAD.EXE");
Запускает NotePad.
Попробуй, если у тебя WINDOWS.