Мешает, конечно. Обфускатор меняет все имена в том числе и классов... Так что getDefinitionByName надо использовать с обфусцированным именем типа 56__be6
)) Но до обфускации вы никогда не узнаете какое надо использовать имя
Так что просто надо заполнять списки исключений
upd: обфускаторы только не трогают флэшовые классы(возможно флексовые тоже).