1. Не в "папках" (никаких папок в скомпилированном ролике нет), а делать примерно так:
- кадр - страница;
- в кадре лежит мувик (символ класса MovieClip), внутри него весь контент данной "страницы" - анимация и т.д.
2. Код для переходов пишется в кадре примерно так:
Код AS1/AS2:
btn.onRelease = function()
{
gotoAndStop(номер_кадра);
};
Здесь
btn - имя кнопки на сцене (не библиотечное имя, а имя экземпляра, задается в свойствах кнопки на сцене).
Посмотрите пример, грубовато, но идея, думаю, ясна.