Проблема тут в том, что пробелов может быть несколько. И неизвестно сколько их и когда будет.
Пока я эту проблему решил так:

Код AS3:
var spaces:RegExp = /\s{2,}/g; // сносим все лишние пробелы
millisecondsString = millisecondsString.replace(spaces, " ");
millisecondsString= millisecondsString.substr(1, millisecondsString.indexOf("xxxxx") - 2);
var digits:Array = millisecondsString.split(" ");
Но наверняка существует способ по-красивее.