[expl]

Во FlashBuilder:
Правая кнопка по иконке проекта в дереве проекта -> Properties -> ActionScript BuildPath -> Source Path -> AddFolder
Указывается папка на один уровень выше корневой, т.е. если у вас класс ru.somePackage.SomeClass лежит в src/ru/somePackage/SomeClass.as, то нужно подключать папку src.

В параметрах компиляции - это при сборке bat-ником или через ant. Если у Вас не было в них нужды - не заморачивайтесь